حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در پیامی به مراسم تجلیل از سرکار حاجیه خانم همایونی در اصفهان، وی را از مفاخر جامعه‌ی زنان ایران اسلامی دانستند و تاکید کردند: «حضور تحصیلکردگان معارف دینی و قرآنی در حد ایشان نشان‌دهنده‌ی آمادگی و استعداد زن ایرانی برای پیمودن مدارج عالیه علم و معرفت دینی است.»
متن پیام رهبر معظم انقلاب به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم
سرکار حاجیه خانم همایونی جزو مفاخر جامعه‌ی زنان ایران اسلامی است. حضور تحصیلکردگان معارف دینی و قرآنی در حد ایشان نشان‌دهنده‌ی آمادگی و استعداد زن ایرانی برای پیمودن مدارج عالیه علم و معرفت دینی است.
بانوی بزرگوار استاد ایشان مرحومه سرکار حاجیه خانم امین در عصر خود آیتی از استعداد و استقامت و ظرفیت‌های بالای ذهنی زنان تحصیلکرده دینی ما بوده است. رحمت خداوند بر ایشان باد. اکنون نیز ادامه‌ی کار آن بانوی بزرگوار بوسیله سرکار حاجیه خانم همایونی مایه‌ی خرسندی است و امید است با حضور ایشان به نحو شایسته و کامل در گسترش معارف اسلامی میان بانوان استفاده شود.
سلامتی و طول عمر ایشان را از خداوند متعال مسئلت می‌نمایم.
سیدعلی خامنه‌ای
19/فروردین/1390